VirtualDubMod peut faire exactement ce que tu souhaites. Télécharge la version mise à jour aujourd'hui (v1.5.10.2).
Certes VirtualDubMod nécessite un peu d'apprentissage, mais cette version est gratuite et bénéficie d'une documentation en français, et aussi ce tuto :
http://www.trad-fr.com/Tuto/Encoder_VDM.htm
et surtout :
Comment couper et extraire un morceau de video?